Scripts_for_bioinformatic_analyses
├── 01_RNAseq_trim_decontaminate_QC
│   ├── 01_QCraw_2trim_QCtrimmed_parallel_one.sh
│   ├── 01_QCraw_2trim_QCtrimmed_parallel_two.slurm
│   ├── 02_multiqc_raw_2trim.sh
│   ├── 03_kraken2_parallel_one.sh
│   ├── 03_kraken2_parallel_two.slurm
│   ├── 04_fastQC_afterkraken2_parallel_one.sh
│   ├── 04_fastQC_afterkraken2_parallel_two.slurm
│   └── 05_multiqc_2trim_before_and_after_kraken2.sh
├── 02_ISOseq_transcriptome_assembly
│   ├── 01_ccs.slurm
│   ├── 02_1_lima.slurm
│   ├── 02_2_combine_FL_reads.slurm
│   ├── 03_isoseq3_refine.slurm
│   ├── 04_isoseq3_cluster.slurm
│   ├── 05_cdhit-est_0.99_isoseq3.slurm
│   ├── 06_1_ncbi_nr_database.slurm
│   ├── 06_2_subset_nr_database_mollusca.slurm
│   ├── 07_1_transdecoder_nrmollusca_isoseq3_cdhit0.99.slurm
│   └── 07_2_transdecoder_genes.sh
├── 03_transcriptome_QC
│   ├── 01_1_bowtie2_index.slurm
│   ├── 01_2_bowtie2_align_isoseq3_cdhit0.99_parallel_one.sh
│   ├── 01_2_bowtie2_align_isoseq3_cdhit0.99_parallel_two.slurm
│   ├── 01_3_bowtie2_align_isoseq3_cdhit0.99_transdecoder_parallel_one.sh
│   ├── 01_3_bowtie2_align_isoseq3_cdhit0.99_transdecoder_parallel_two.slurm
│   ├── 02_1_busco_isoseq3_cdhit0.99.slurm
│   ├── 02_1_busco_isoseq3_cdhit0.99_transdecoder.slurm
│   ├── 02_2_busco_graph.slurm
│   ├── 03_transrate_isoseq3_cdhit0.99.slurm
│   ├── 03_transrate_isoseq3_cdhit0.99_transdecoder.slurm
│   ├── 04_1_blastx_nrmollusca_isoseq3_cdhit0.99.slurm
│   ├── 04_1_blastx_nrmollusca_isoseq3_cdhit0.99_transdecoder.slurm
│   ├── 04_2_swissprot_db.sh
│   ├── 04_3_blastx_swissprot_isoseq3_cdhit0.99.slurm
│   ├── 04_3_blastx_swissprot_isoseq3_cdhit0.99_transdecoder.slurm
│   ├── 04_4_filter_blastx_output.sh
│   └── blast_filter.py
├── 04_mapping_counting
│   ├── 01_salmon_index.slurm
│   ├── 02_salmon_map_quantify.slurm
│   ├── 03_1_salmon_map.slurm
│   ├── 03_2_corset_prepare.sh
│   └── 03_3_corset_cluster_quantify.slurm
└── 05_transcriptome_annotation
    ├── 01_split_assembly_100_chunks.sh
    ├── 02_blastx_nr_assembly_chunks.slurm
    ├── 03_annotation_done_in_omicsbox.txt
    └── split_fasta.awk

5 directories, 44 files